José Mário Branco colaborou com Amélia Muge no espectáculo "Maio Maduro Maio", de homenagem a José Afonso, apresentado em 1994. Em 1997, foi responsável pelos arranjos musicais de sete canções do álbum "Taco a taco" de Amélia Muge, tendo também participado como intérprete. Foi também responsável pela direcção, arranjos e composição musical de três temas do álbum "Amélia com versos de Amália", editado em 2014.